（1）紫色水晶的颜色常不均匀，具色带和色块，而紫色方柱石的颜色相对均匀；在显微镜下观察，方柱石可见到平行排列的管状包裹体；在偏光镜下，水晶具典型的牛眼状干涉图，而方柱石是典型的一轴晶干涉图
黄晶无荧光或荧光极弱，而黄色方柱石在短波紫外光下可见红色荧光，在长波紫外下发黄色荧光；黄色方柱石具有最大的双折射率，与水晶具明显的差别。（2）黄色水晶与黄色方柱石在的发光具有明显差别
水晶与方柱石折射率范围相近，双折射率相互重叠，颜色（特别是两种宝石的紫色和黄色品种）十分类似，鉴别时可从下列几个方面考虑：
水晶与相似宝石的鉴别
与水晶相似的宝石较多，主要有玻璃、尖晶石、长石、方柱石、堇青石、托帕石、绿柱石、电气石等，这些宝石除方柱石和堇青石外，其物理性质差别均较大，鉴别较容易
水晶与堇青石虽然两者折射率较为接近，但只有稍加注意，便可将两者区别开来。堇青石的颜色是紫蓝色-蓝色，并具有明显的多色性