对于种薯要严格选去烂薯、病薯和伤薯，将泥土清理干净，堆放避光通风处；入窖后用高锰酸钾和甲醛溶液熏蒸消毒杀菌（每120平方米用500克高锰酸钾兑700克甲醛溶液），每月熏蒸一次，防止块茎腐烂和病害的蔓延。五、管理方法马铃薯种薯在入窖前，要将窖内清理干净，用石灰水消毒地面和墙壁。并且每周用甲酚皂溶液将过道消毒一次，以防止交叉感染。保持通风，降低贮藏期间的自然损耗。此外，还要严格控制窖温、湿度。另外种薯贮藏期，老鼠的危害也不容忽视
一、温度马铃薯在贮藏期间与温度的关系最为密切，作为种薯的贮藏，一般要求在较低的温度条件下贮藏可以保证种用品质，使田间生育健壮和取得较高的产量。10-11月，马铃薯正处在后熟期，呼吸旺盛，分解出较多的二氧化碳、水分和热量，容易出现高温高湿，这时应以降温散热、通风换气为主，最适温度应在4℃；贮藏中期的12月至第二年2月，正是气温处于严寒低温季节，薯块已进入完全休眠状态，易受冻害，这一阶段应是防冻保暖，温度控制在1-3℃；贮藏末期3-4月份，气温转暖，窖温升高，种薯开始萌芽，这时应注意通风，温度控制在4℃
四、堆放方法马铃薯种薯在窖内的堆放方法有堆积黑暗贮藏、薄摊散光贮藏、架藏、箱藏等等
通风又可以调节贮藏窖内的温度和湿度，把外面清洁而新鲜的空气通入窖内，而把同体积的二氧化碳等排出窖外。三、空气马铃薯块茎的贮藏窖内，必须保证有流通的清洁空气，以减少窖内的二氧化碳。如果通风不良，窖内积聚太多的二氧化碳，会妨碍块茎的正常呼吸。种薯长期贮藏在二氧化碳较多的窖内，就会增加田间的缺株率，和长时期植株发育不良，结果导致产量下降
因此，当贮藏温度在1-3℃时，湿度最好控制在85%-90%之间，湿度变化的安全范围为80%-93%，在这样的湿度范围内，块茎失水不多，不会造成萎蔫，同时也不会因湿度过大而造成块茎的腐烂。二、湿度在马铃薯块茎的贮藏期间，保持窖内适宜的湿度，可以减少自然损耗和有利于块茎保持新鲜度