此后即进入正常的出菇管理阶段。上述工作确认无误后，即可加大棚内通风量，并相应增加空气湿度至70％以上，未出菇前可适当掀开草苫，以提高光照强度并给予一定的刺激，待气温稳定在16℃后，便可大量发生菇蕾
因在冬季低温季节，害虫一般藏匿于料内及畦底温度偏高的地方，发现有害虫存在时，应用磷化铝熏杀。具体方法是：在畦床上用直径3－5厘米的木棍间隔约20厘米打洞至畦底，然后按每平方米畦面1片药的用量将磷化铝包好投放到畦面上，上覆塑料薄膜，约24小时即可杀死全部害虫。投药覆膜的同时，还可用敌敌畏或菊酯类药物喷洒棚内各暴露处，以便灭杀得更加彻底。二是仔细观察棚内有无跳虫、马陆、菇蚊（蝇）、螨虫等害虫，尤其需打开菌畦严格检查基料内部及畦底。该法适于在未出菇的低温阶段使用，如温度稳定在10℃以上时，应相应缩短覆膜时间，温度达20℃以上时覆膜时间应掌握在10小时以下
此外，还要检查大棚墙体及木质立柱等，发现有杂菌生长时，应及时刮除并喷刷多甲溶液。一是严格检查菌畦的床面。一般鸡腿菇生产中较易发生石膏霉等病害，尤其是危害最大的“鸡爪病”，一经发现，必须立即进行清理，以防其蔓延扩大
补水的主要方法是：用铁铲类工具间隔20厘米左右从畦面插入到畦底，而后灌水1－2次，约一周后基料吸水至原播种时的含水量。三是经过上年的出菇及冬季的低温干燥，基料失水严重，覆土亦相应失水，如不及时补充水分，则很难获得理想的产量。注意该次灌水意在补足基料水分，头批出的菇所需的水分大部分将从此获得，下次出菇时可不再灌水，因此一定要补足。而后可适量补土并整平畦面，新补的覆土水分不足时可适量喷水
在经过一个冬天后，随着气温的回升，鸡腿菇将再度出菇，并进入春季管理阶段。在出菇之前应着重检查菌畦的病害、虫害、水分等情况，并做出相应处理