贮藏前应将百合鳞茎在室内稍摊晾，时间不宜长，以免变色，然后选择一间阴凉的房间，用0.3%的甲醛和高锰酸钾熏蒸1次，再在地上铺一层厚5-7厘米的清洁园土或河沙，将百合鳞茎倒放其上，排列整齐，再在地上覆一层厚约3-4厘米的土或沙。如此重复，高度不超过1.5米左右时为止，四周用土或沙封严，可贮藏到翌年春天。贮藏期间应隔20-30天检查一次，不宜过多翻动，如发现坏变，应及时清除。贮藏方法主要采用沙土层积法
贮藏地点要掌握“干燥、通气、荫蔽、遮光”的原则
用来贮藏的百合球一定要“充分成熟，含水量低，无病无虫，没有伤痕。”经过药剂消毒处理的种球，用来贮藏，可减少腐烂