由于作物秸秆所带的病菌很容易通过土壤传播（如玉米大、小斑病、黑穗病；小麦赤霉病等）。三、要搞好病虫害防治。所以，在作物生长期间还要注意防治病虫害，以确保农作物优质丰产
二、要补充水分。土壤墒情好，水分充足是保证微生物分解秸秆的重要条件。施行秸秆还田的地块，尤其是底墒不足，未浇封冻水的地块，要早浇水，并及时铲蹚，以增强土壤的通透性，提高土壤温度，为微生物活动创造一个合适的环境条件，以利于秸杆腐解，同时还可以减少秸秆腐解过程中产生的有害物质（有机酸）和有毒气体
一、要补充养分。所以，秸秆还田的地块除了在秸秆还田的同时补施养分外，还应趁早春土壤返浆时再补施碳铵10-15公斤，如果再配施一些磷肥则效果更好。一般的禾本科作物秸杆的碳氮丝绸大约为80-100：1，而土壤微生物分解有机物需要的碳氮比为25-30：1，如果不增施氮肥，微生物分解秸秆必然与作物争夺土壤中的氮素与水分，影响作物正常生长
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