烂种是播种后，在种子尚未萌发或刚发芽时遭受病菌侵染，造成腐烂死亡。死苗是种子萌发抽出胚茎或子叶的秧苗，在其尚未出土前就遭受病菌侵染而死亡。猝倒病：辣椒苗期猝倒病常见症状有烂种、死苗和猝倒三种。在苗床上，开始是个别苗发病，最后引起成片苗倒伏。苗床湿度大时，死苗及其附近床面上多有白絮状菌丝，可区别于立枯病，病菌拔出后，碰摸病部，表皮很易脱落。猝倒是秧苗出土后，真叶尚未展开前，遭受病菌侵染，茎基部出现水渍状黄褐色病斑。继而绕茎扩展，逐渐缢缩呈细线状，秧苗地上部因失去支撑能力而倒伏
沤根：辣椒苗期沤根是一种生理病害，通常表现是幼苗出土或分苗后长期不长新根，幼根外表皮锈褐色，逐渐腐烂，茎叶生长受到抑制，叶片逐渐发黄，不长新叶。病苗很容易从土中拔出，严重时枯死
对于沤根的防治，其根本性措施是降低土壤湿度。发病初期喷洒５８％瑞毒霉锰锌５００倍液，或７５％百菌清可湿性粉剂５００倍液，或８００倍７２·２％普力克水剂和５０％福美双可湿性粉剂的混合液，对猝倒病、立枯病都有较好的防治效果，一般每隔７—１０天用药一次，连续２—３次。综合防治方法：１、选择适宜的苗地进行育苗。２、利用药土保苗。４、药剂防治。雨天要及时排水，平时要勤检查，发现病害及早防治。选择前作不是茄类、瓜类、豆类、番薯和十字花科蔬菜且地势较高、排水通畅、土质疏松肥沃的无病地块育苗。每平方米苗床用５０％多菌灵或５０％甲基托布津可湿性粉剂１０克加干细土１０公斤拌匀，先将其中一半撒于畦面，然后播种，播种后再撒上另一半，将种子夹在药土中间。３、加强田间管理
当湿度大时，病部可见到稀疏的淡褐色蛛丝网状霉，无明显的白霉，可与猝倒病区分。立枯病：辣椒苗期立枯病多在幼苗刚出土至定植前这段时间发病，尤以幼苗中后期发病更为常见。发病初期受害幼苗在茎基部产生暗褐色病斑，幼苗白天萎蔫，夜间恢复，严重时病斑扩展围绕整个茎基部，致使幼苗茎基部收缩，地上部茎叶枯死，但病苗直立不倒