忌与草木灰、石灰等碱性肥料混施草木灰、石灰等碱性较强，与沼肥混合，会造成氮肥的损失，降低肥效
若盲目大量施用，会导致作物徒长，行间荫蔽，造成减产。忌过量施用施用沼肥的量不能太多，一般要比施用普通猪粪肥少
施用于水田应在耖坯前均匀撒施田面，然后犁翻入底层。忌表土撒施沼肥施于旱地作物宜采用穴施、沟施，然后盖土
沼肥是一种缓速兼优的好肥料，可增强作物抗旱、防冻能力，提高秧苗的成活率，生产绿色食品。由于人畜粪便及秸秆经过密闭发酵后，在产生沼气的同时，还产生一定量的沼肥，施用沼肥不但节省化肥、农药的喷施量，也有利于生产绿色食品，但施用沼肥要注意以下五点：
沼肥作追肥时，要先兑水，一般兑水量为沼液的一半。忌不兑水直接追施沼肥不兑水直接施在作物上，尤其是用来追施幼苗，会使作物出现灼伤现象
因此，沼肥出池后，一般先在储粪池中存放5-7天后施用；沼渣与磷肥按10：1的比例混合堆沤5-7天后施用，效果更佳。忌出池后立即施用沼肥的还原性强，出池后的沼肥立即施用，它会与作物争夺土壤中的氧气，影响种子发芽和根系发育，导致作物叶片发黄、凋萎