农艺防治是轮作倒茬，避免连作；选用无病株壮苗，合理密植；适时整枝打杈，改善通风透光条件；排水要通畅，避免田间有积水；对病叶、病果要及时摘除，全株发病要拔掉深埋处理，以防病菌扩散；注意增施磷钾肥，开花前后每隔10天左右喷施1次0.3%磷酸二氢钾溶液,提高植株抗病能力;在生长过程中一定要控制保护地温度和湿度，以防止因温度过高、湿度过大造成病害流行。化学措施是及时喷药防治，常用的药剂有：50%的钾霜灵锰钾锌可湿性粉剂500倍液，50%的克菌丹可湿性粉剂500倍液，65%的代森锌可湿性粉剂600倍液，75%的百菌清可湿性粉剂600倍液等，以上药剂要交替使用。防治措施：采用农艺措施和化学措施相结合的方法较好。在发病前或发病初期喷施一次，进入雨季要每隔7天喷施一次，连喷3次保秧保果，遇雨重喷
果实发病，多在蒂部附近，症状同茎、叶，果实容易提早脱落。茎发病，多在枝杈相接处发生黑褐色椭圆型凹陷病斑，也有同心轮纹和黑褐色霉层，严重时，病斑扩大，组织腐烂，茎秆从这里倒折。症状识别：叶发病，一般从下部老叶开始，产生深褐色或黑褐色病斑，病斑上有明显的同心轮纹，在潮湿条件下，还会产生黑色霉层，严重时，叶片干枯脱落
保护地栽培番茄经常发生晚疫病，晚疫病是一种流行性很强的真菌病害，番茄从出苗至结果期均可发病，严重时，整株死亡，是一种毁灭性病害