依各地贮藏习惯，窖的贮藏方法的最大优点是窖较深，空间较大，便于通风换气，调节窖内温湿度，也便于倒动。因贮藏期较大，芹菜在窖内不处在冻结状态，各地随窖的大小、深浅、宽窄而构筑形式不同，但必须有通气孔
白天需防日晒，夜晚需防受冻。窖藏芹菜一般有2个来源。两捆可以对头搭起来，形成“人”字排列。当气温稳定通过-3～-5℃时，把芹菜移到窖内贮藏。多是采用秋芹菜窖贮，另一种用温室延后生产的芹菜窖贮。采用芹菜窖贮，初期须在温室后墙外进行预贮
窖藏是目前较为理想的芹菜贮藏方式。既要防高温又要防冻。窖藏芹菜的管理，是通过放风、保温等措施，使窖内保持适宜的温度
如利用永久性菜窖贮藏芹菜，须用细咀喷洒一些水，然后成捆对头搭起“人”字形，每2行为一垛；当贮量较大时，也可捆挨捆的成行摆好。贮量小时，可在白菜的空隙用牛皮纸卷起，放在最上面的白菜上贮藏
如采用温室芹菜进行窖藏，可延迟至11月中旬收获，收后即可入窖贮藏。把芹菜根朝下码在10厘米深的沟内埋上土，也可浇水，这样有利于贮藏，使芹菜保持鲜嫩状态。但须摘去黄帮烂叶、伤叶，剔除病株和受冻害株。由于贮期延迟，避开了入窖初期的高温，有利贮藏，可贮至春节