为防止种子传带病菌，可用70%甲基硫菌灵（甲基托布津）可湿性粉剂500倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂1000倍液浸种40分钟或按种子重量的0.2%~0.3%拌种
由于病菌阻塞导管，影响水分输导和分泌毒素破坏植物的正常生理功能，使得病株萎蔫，下部叶片变黄，以至于整株枯死。有时仅一侧发生凹陷病斑，造成半边凋萎。病菌从根部伤口侵入或直接穿透表皮，最终进入维管束。切开生病的秧子，可以看到维管束变成黄褐色，病株根部变褐腐烂，容易拔起。枯萎病是一种典型的土壤传播危害整株的病害。病菌可以在病株残体或土壤中存活多年，也可以随着未腐熟的粪肥和种子传播
有些农民朋友反映，在老菜田里经常发生死秧子现象，尤其是黄瓜、西瓜等瓜类，经常遇到这个问题。其实，这种死秧子就是枯萎病，包括黄瓜枯萎病、西瓜枯萎病、甜瓜枯萎病和苦瓜枯萎病等
要重点控制与拔除病株的病穴临近的植株。45%特克多（噻菌灵）悬浮剂1000倍液灌根，每株200~300毫升。在使用药剂方面，发病初期可用绿亨1号3000~4000倍液灌根，或70%土菌消（恶霉灵）可湿性粉剂1500倍液，10%世高（噁醚唑）水分散剂3000倍液
植株一旦生病就无法康复，即便没有死，也会降低产量。有的老乡说这是庄稼得了癌症，没办法防治。首先要预防。这种说法并不正确，这种病虽难以防治，但还是有办法的。所以应该及时拔除病株。另一方面，要抓住病害点片发生阶段采取综合防治措施，早治是控制病害的关键，普遍发病后的防治只能在一定程度上减少损失
不少地方大面积推广嫁接防病措施，比如将黄瓜嫁接在黑籽南瓜或圆瓠瓜上，西瓜嫁接在瓠瓜、葫芦或南占1号上，技术不难掌握。选用抗病品种，实行轮作，翻晒土壤等农业防治措施也有很好的效果。另外一点，还是强调田园卫生。与其他作物轮作应在3年以上，最好选择小麦、玉米和葱蒜类作物。秸秆特别是病株残体一定要清出，集中深埋或经过高温堆沤，不使用未经腐熟的粪肥，以减少病菌的积累