其中容易混淆的天然宝石包括透辉石、紫水晶、红柱石、金绿玉、黄水晶、翠榴石、翠绿锂辉石、橄榄石、烟水晶、红宝石、祖母绿、桃色黄晶、符山石和锆石等。但是，如果是经过切割和镶嵌的碧玺饰品，由于碧玺颜色丰富多样，因此它常与其他天然宝石、合成宝石甚至有色玻璃相混淆。遇到这种情况时，可以依据碧玺的如下三个特性来鉴别：
三、碧玺经常被琢磨成祖母绿阶梯形状，因此在平行阶梯长边的方向经常可见一些管状的包裹物或棉絮物，而在平行阶梯短边的方向观察经常会发现其颜色变深，这是由于碧玺不同方向对光的吸收不同——这一特性可用来鉴定碧玺和一些合成的仿制品
一、碧玺具强双折射率：如果从宝石的台面向下观察，可以见到碧玺底棱呈明显的双影现象——由此可将碧玺与任何颜色的托帕石、合成尖晶石等区分开来；
二、碧玺具强二色性：如果是红色碧玺，常显红色和粉红色的二色性；如果是绿色碧玺，常显示绿色和淡绿色二色性——由此可轻易地将绿色碧玺与绿色橄榄石、绿色玻璃、绿色石榴石等区分开来；
此外，碧玺具特征的、非常明显的二色性和由于强烈双折射而产生的双影光学现象。所以，如果是晶体原料，碧玺是很易识别的。一般情形下，碧玺的矿物原料呈长柱状，柱面上有纵纹，而横断面则呈弧面三角形