苹果贮藏期主要病害基本分为3大类
③褐烫病(虎皮病)。苹果贮藏后期发生，发生原因众说不一，已知未成熟的富士、金冠发生较重。防治方法主要是增施有机肥，不偏施氮肥，适时采收；贮藏后期防止窖温过高，保持窖内通风良好。偏施氮肥、多雨年份、采收过早、窖温过高及通风不良易发生
氮、钙比大于10则发生，达到30时严重发生。防治苦痘病采用以下方法：增施有机肥，适量施速效氮肥，按该品种正常采收期采收；幼果期每2周叶面补充1次钙，如氨基酸钙100倍，共补充4-6次；果实入库前用2%氯化钙溶液浸渍，控制窖内温度不高于2℃，并保持良好通透性，对发生严重品种应高接抗病品种。①苦痘病。发生原因与果实中钙、氮的含量及氮、钙的比例过大关系密切。当果实中钙离子浓度低于110ppm时，果实呼吸速率增加，原生质及液泡膜崩解、果肉组织松软、外部表现凹陷斑点
①青霉病。致病菌主要经伤口侵入，病果和健果接触，菌丝可侵入健果。预防方法：采摘、分级、搬运、贮藏过程中，避免碰伤、刺伤、挤压伤，对伤果要捡出；果库事先要用1%硫酸铜或福星2000倍、世高1000倍灭菌；果库温度控制在0℃-2℃；经常检查，发现烂果及时清除。病菌产生果胶酶和毒素，很快使果肉软腐，病菌在0℃条件下仍能缓慢生长，塑料袋袋装果发生多
第二类是生理病害
各品种对二氧化碳的忍耐力差异很大。④果肉褐变。防治方法：气调贮藏时，要严格按苹果品种控制气体比例，一般氧气不低于3%，二氧化碳不高于10%。气调贮藏时，当二氧化碳浓度过高，氧气浓度过低时发生
发生原因是由梨糖醇代谢受阻及钙素少。防治办法基本与防治苦痘病相同，并注意补充磷肥。②水心病(蜜病、玻璃病)
病因复杂，常见的有：
此类病害一般在贮藏30天内陆续出现。在果实生长期侵入，采摘时尚未表现出症状，带有病菌的果实，在贮藏期逐渐表现出典型危害状。苹果轮纹烂果病、苹果炭疽病、苹果霉心病、苹果疫腐病都属于此类病害。防治此类病害是在生长期，而不是在贮藏期，果实实行套袋生产对这些病害都有良好的预防效果(霉心病除外)，而在采果后用药处理，则收获不大。第一类是致病菌
②褐腐病。果实生长后期发生的褐腐病，病菌从食心虫等害虫造成的伤口侵入，将虫害防治好，此期的褐腐病可得到有效的控制。此病害在果实生长后期就已发生，又是贮运期间的重要病害。贮藏期间发生的褐腐病，病菌从机械伤口处侵入，与预防青霉病的方法相同
第三类是与果实伤口(机械损伤、虫伤)关系极大的病害