肥料以农家肥为主，化肥为辅。垃圾肥和堆肥、厩肥可能带菌，应堆置发酵腐熟后才能使用。三是施用腐熟肥料。用草木灰做基肥，每亩50至60担，肥效好，防病效果也好;。一般每亩苗床施腐熟的精牛栏粪40至50担
在苗床上插松枝，或在苗圃上套种农作物或绿肥，干旱时灌水抗旱，对降低发病率也有一定的作用。五是提高幼苗抗病力，及时中耕除草、间苗、追肥使幼苗出土整齐，生长健壮。出苗期开始，每亩苗圃用波尔多液50至75公斤喷洒幼苗，使幼苗外表形成保护膜，防止病菌侵入。发病后，及时清除病苗，在病苗穴周围撒石灰粉，以防止蔓延
此外，还危害松、柏、香榧、金钱松、杜仲、枫香、洋槐、板栗、水杉等林木的幼苗。该病能为害多种植物，一年生银杏苗最易感病，死苗率达80%以上。花卉苗木的茎腐病是由半知菌球壳孢目的真菌危害造成的一种病害
如银杏苗一年生苗感病后，初期症状是茎基部变为褐色，叶片失去正常的绿色，稍向下垂，病部迅速向上发展后，全株枯死，叶片下垂不脱落。二年生苗木感病或一年生苗木发病轻的，病苗地上部部分死亡，当年可从基部发生新枝。若苗圃地低洼易积水，苗木生长瘦弱发病率会显著增加。据观察，苗木一般在梅雨结束后10至15天开始发病，以后发病率逐渐增加，至9月中旬停止发病。病茎皮层肥肿皱缩，表皮组织腐烂呈海绵状或粉末状，病菌浸入木质部，使髓部变为褐色或中空。病害扩展至根部后，使根皮层腐烂，如拔除疫苗，仅能拔出木质部而根部皮层则会留在土壤中。不同的苗木感病后，其症状不尽相同，但一般表现为茎腐。炎热的夏季，土壤温度升高，当苗木茎基部受高温灼伤时，病菌便侵入危害
二是杀死病原菌。茎腐病菌是一种土生病菌，平时在土壤中营腐生生活。育苗前可用枯枝、枯叶、干草均匀撒在苗床上，点火焚烧，可杀死土壤中的病原菌。也可每亩苗圃地施入石灰粉25公斤或硫酸亚铁粉15至20公斤，以抑制病原菌
四是在高温季节搭荫棚，可降低苗床温度，可使发病率减少85%以上;
一是选择地下水位较低，排水良好的地作苗圃，容器育苗，必须用无病原菌的土壤配制营养土坚持轮作制度，不在同一块地连续培育同一种苗木
防治茎腐病，应采取综合防治的办法：