地方的各专项资金除用于完成法定补充耕地任务和实施重大工程外，也应向基本农田整理倾斜。国家掌握的专项资金除用于实施重大工程外，还将用于基本农田整理。根据这一通知精神，今后一个时期，各地要统筹安排耕地后备资源的开发利用和基本农田整理，既保证补充耕地任务的完成，又加大基本农田整理力度
经过整理的基本农田要切实加以保护，不得违法占用。通知要求，重大工程区域内的基本农田整理，应结合实施重大工程开展；重大工程区域外的，应优先选择在粮食主产区开展。基本农田整理应集中连片，整理后基本农田的耕作条件和质量应达到当地基本农田的较高水平
据国土资源部耕地保护司司长潘明才介绍，土地开发整理是落实保护资源基本国策、实行最严格耕地保护制度、确保国家粮食安全的一项重要工作。1999年以来，通过土地开发整理，全国累计补充耕地近3000万亩，大于同期建设占用与灾害损毁的耕地面积。对国家土地开发整理示范区的调查表明，土地开发整理后植被覆盖率增加2.4个百分点，耕地抗御自然灾害的能力明显增强
为了推动各地在严格保护基本农田的同时，加大对基本农田的投入，国土资源部日前发出《关于加强和改进土地开发整理工作的通知》，把大力开展基本农田整理作为今后一个时期土地开发整理工作的重要任务。基本农田涉及国家粮食安全，关系到农民的长远生计，是耕地保护的重中之重
今后一个时期，国土资源部将根据全国基本农田分布和资金状况，下达各省（区、市）年度基本农田整理任务；地方各级国土资源部门负责组织国家投资基本农田整理项目的申报和实施，此类项目的新增耕地率将不低于３％。国家计划加大基本农田整理力度