妥善处理病稻草，不能随便乱扔，也不能堆放在田边地头，不能作种子催芽的覆盖物，不能用来捆扎秧把，可集中高温堆沤，严重的用火烧。不管是在秧田还是大田里，发现病株应及时拔掉，防止扩大侵染
防治方法防治水稻恶苗病重点放在种子的处理上
用50%的多菌灵100克，加水50公斤浸种；或35%的恶苗灵120克，对水50公斤浸种；或3%的生石灰水浸种48小时。同时，在浸种过程中，药液面保持静止状态，中途不能搅拌，也不能重复使用，以保证闷死病菌。严格消毒种子。药液浸种必须注意的是，液面一定要高出种子层面15~20厘米，供种子吸收
症状水稻发生恶苗病后，其发病植株的节间伸长，长得细而高，植株颜色较淡，叶片较正常株窄，节位上的叶鞘里或外有不定数的须根，稻秆内生有白色的霉物，后变成淡红色，有时是黑色的小点。病死的植株表面有浅红色或白粉霉物，病粒谷壳的内外颖合缝处，着生有浅红色霉层。发病的植株抽穗较早，穗子较小，并且谷粒少，或成为不实粒。病死的植株抽穗较早，穗子较小，并且谷粒少，或成为不实粒
带病的秧苗移栽后，把病菌带到大田，引起稻苗发病。发病规律和传播途径水稻恶苗病的病菌在谷粒和稻草上越冬，次年使用了带病的种子或稻草，病菌就会从秧苗的芽鞘或伤口侵入，引起秧苗发病徒长。当水稻抽穗开花时，病菌经风雨传到花器上，使谷粒和稻草带病菌，循环侵染为害水稻