天气寒冷时应罩上透明的塑料袋进行防寒保温，新栽的植株放在避风向阳处养护，保持盆土湿润而不积水，活稳后去掉塑料袋。养护中应逐渐去掉部分盆土，为以后的提根做准备。树桩栽种宜深，最好能将根部全部埋入土中，如果花盆深度不够，可用油毡卷成筒套入花盆，然后填土，以增加盆土高度。栽种时间可根据树种的不同而定，一般多在冬春季节，犹以春季萌芽前成活率最高。栽种时土要压实，浇透水。而枸杞则要等春天即将萌芽时再修剪，否则会造成退枝（即所修剪的枝条枯死）。植株生长旺盛时施些腐熟的稀薄液肥，对枝条可任其生长，以通过叶片的光合作用，制造更多的养分，使树桩生长旺盛，根系发达。等冬季落叶后，将迎春、黄荆等树桩多余的枝条剪除，过长的枝条短截。栽种前要对桩材进行修剪整形，剪去不需要的枝条，对过长的枝条适当截短，但对较粗的枝条应予以保留，以备以后造型的需要，并对树根进行修剪，然后栽入瓦盆养坯。以根代干式盆景所用的桩材应选择那些根部具有树干形态的树桩，对枝的要求不太严格。由于枸杞的树根上粗下细，提根后违背树木下粗上细的自然规律，可将其倒栽，也很容易成活，但长势较弱
在用这些植物制作盆景时，可以用“以根代干”的方法，将其根部从土中提出替代树干。此外，一些黄荆、水杨梅等杂木类树桩的根部古朴奇特，树干却直而无姿。枸杞、迎春等植物枝条虽多，但纤细不粗壮，也没有明显的主干，而其根部却虬曲多姿、古雅奇特
制作好的盆景移入细盆的头一年应用不太肥沃的土壤栽种，以使其适应新的环境，保证成活。等第二年春季翻盆时再用较肥沃的土壤栽种。以根代干式盆景的提根应逐步分次进行，不可操之过急，以免细根裸露过多，造成植株死亡，其造型可根据树根的具体形态，制成各种不同形式的盆景。以后即可按树种的不同习性进行正常管理
以根代干式盆景与露根式盆景的区别是：露根式盆景在保留原有树干的基础上提根，使其悬根露爪，根的形态不做改变，只作为观赏体的一部分；而以根代干式盆景的树干则完全被树根替代，根的观赏形态已不复存在，而是以干的形式出现