近几年来，棉花病害发生较为严重，主要为苗期病害及中后期黄萎病、红叶茎枯病，尤其是中后期病害逐年加重，为了有效控制其发生，可采取以下几项措施：
一般亩施有机肥2500-3000公斤，饼肥50公斤，尿素20公斤，二铵25-30公斤，硫酸钾或氯化钾15-20公斤，过磷酸钙40公斤。磷钾肥一次放入，氮肥基施2/3，在长年连作田块，亩增施钾肥5-10公斤。在花蕾期、花铃期各追施一次氮肥，中后期结合喷药，叶面喷施磷酸二氢钾等叶面肥。3、科学施肥、平衡养分控制氮肥施用量，增施钾肥，不施带菌粪肥、草肥，可使病害的危害减轻
4、科学用药棉种消毒，播前可用50％多菌灵配成0.3％悬浮剂于室温下浸种14个小时，播前选择晴天进行晒种。萎蔫程度轻或已形成发病中心的田块，及时刨开根际表土，浇灌1％尿素水或50％棉隆可湿性粉剂300克对水100公斤，药水渗完后及时盖土。黄枯萎病零星发生时，拔除病株，并用50％六氯代苯粉500克加细土2.5-4公斤，撒施穴内消毒
1、选用抗病品种中棉所41、中棉所45、SGK321、国审冀668、邯284等，利用品种抗性减轻棉花黄萎病的发生
所以，重病田块，应与小麦、豆类等作物轮作倒茬，中度发生田块，可与小麦、瓜类作物套种。2、轮作倒茬、合理间套棉花与豆科及禾谷类作物轮作倒茬，可使土壤中病菌密度降低50-95％
播种时控制种植密度。病田棉杆不能用于秸秆还田。5、保健栽培管理冬季深翻冬灌，压低越冬菌源量。全生育期控制浇灌次数，7、8月份天气干旱时，应注意适量浇水，不宜大水漫灌，雨量大时，及时开沟排水，防止内涝。蕾期深中耕，后期适时整枝