对于多年来施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应，因此，其取代量应做到第一、第二、第三年分别取代30%、40%和60%，磷、钾肥只能补足，不能减少。因量制宜
应注意，不应将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如硫酸钾等)以及稻草灰混合用，因为这些药、肥很容易杀死生物菌。还应防止与未腐熟的农家肥混肥。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。因混制宜
对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。同时还应掌握固氮菌最适温度土壤的含水量是60%-70%。施用菌肥的最佳温度是25-37摄氏度，低于5摄氏度，高于45摄氏度，施用效果较差。因温制宜
对于翻浆的水田，一般不用撒施，用喷雾的方法效果更明显。对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。“菌肥”是从自然界中采集到的固氮活性菌种，经科学配方、组合加工研制而成的一种无公害新型复合生物肥。在施用过程中应采用以下五招：因地制宜
因时制宜。生物菌肥不是速效肥，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前7-10天施用，效果最佳