另外，在厌氧环境如水田土壤中，硝酸根易下渗至水田还原层，可在反硝化细菌作用下生成氨气或一氧化氮等，造成脱氮损失。若要施用，也应在水稻吸肥量大时和对硝态氮利用率高的幼穗形成期或分蘖盛期施用，施用时要注意水分管理，浅水3厘米左右施肥，施后使其自然落干，以后再灌水。施入硝酸铵后生成的硝酸和硝酸盐类，不易被土壤胶体吸附，易随水流动，特别在水田施用，氮流失会比旱地大
硝酸铵是既含铵态氮又含硝态氮的速效肥料，施入土壤溶解后，一半为硝态氮，一半为铵态氮，作物均可吸收利用。在酸性土壤中，铵离子可被土壤胶体吸附，代换出氢离子与硝酸根成硝酸，在中性和石灰性土壤里，铵离子可以从土壤胶体上代换出钙离子等，生成硝酸钙等盐类