室温低于10℃时，可在水培花卉上覆盖旧报纸、塑料薄膜，或将水温提高到18℃或25℃。在没有调节环境温度的设施及能力时，不妨选择对温度适应范围较宽的花卉，如龟背竹、马蹄莲、常春藤、虎限万年青、君子兰等花卉水培。另外，可用废弃的泡沫塑料板，按照水培器皿外形尺寸的大小切割后，拼接粘合，将器皿包裹起来
冬季室温低于10℃时，大多数水培花卉处于休眠或半休眠状态。此时应停止施用花卉水培营养液，只用自来水，并按时换水（换水水温保持在18～25℃左右），清洗植株的根系，保持器皿清洁。一般10～15天更换一次新水，若水质清纯洁净，植株长势健壮，没有烂根，15～20天乃至30天更换一次也不会影响其生长。对那些仍处于缓慢生长的水培花卉，如君子兰、马蹄莲等，可10-15天施用一次营养液，以促使其健康生长
花卉在水培条件下安全越冬所需要的温度条件与土壤栽培所需要的温度是一致的。水培花卉属不耐寒性花卉，生长适温一般为18℃?25℃，当气温降至10℃以下时，有些花卉生长停滞，叶色失去光泽；低于5℃大多数观叶植物会受到不同程度的伤害叶边焦枯、老叶发黄，萎蔫脱落，甚至死亡