2001年9月，经浙江省民政厅审批同意，成为浙江省文化厅主管的浙江省省级文化系统首家民办非企业单位，定名为浙江天目书院，成为弘扬传统文化，开展学术交流研讨的场所。天目书院又称“太子庵”，相传是梁国昭明太子萧统读书的地方。读书楼内有古井，名“太子井”，终年不涸。2012年1月，经过多方努力，天目山管理局收回了书院的所有权。同年2月，天目山管理局局长吕建中被天目书院院委会特聘为天目书院名誉院长。1940年6月1日，天目书院在太子庵成立，首任馆长为嘉兴文化名人张天方。读书楼东侧有“洗眼池”，传昭明太子读书分经，双眼瘴，用池水洗眼，双目复明。昭明太子在此撰成《昭明文选》
各董事充分肯定了2012以来在名誉院长吕建中的领导下对天目书院重新整修，并怀着保护、弘扬天目传统文化的强烈责任感，在天目山佛教文化、道教文化、儒家文化、革命文化、生态文化宣传和挖掘方面所做的一系列工作。5月23日，浙江天目书院董事会到天目山书院调研，此次主要对2003年中共中央“关于加强社会科学工作研究意见”的文件精神十年来执行情况和研究成果进行调研。调研会上，天目书院董事长、浙江省法学会副会长牛太升将书院近几年的工作情况作了专题汇报
参加调研的还有浙江省社会科学联合会副巡视员周鹤鸣和省社科联机关党委书记褚京卫，与会领导还对书院下一步工作进行了指示，即：解决书院生存发展问题；做好传承、创新天目传统文化；积累、收集、利用好天目文化资源，做好文献收集管理工作；科研和科普齐头并进（研究成果的转化主要要靠科普这条路来实现）