有一类植物象吊兰、银边草有粗大的肉质根，这些肥大的肉质根在水里很容易腐烂，完全水培成功后生长的是一些细根。这些肉质根在一开始就应该全部剪掉，只留一些细小还未膨大的根，剩下少数的根全部泡在水里，虽然根很少可新根会很快长出来。还有比较特别的就是滴水观音，它原来的根在水培后很容易腐烂，可以全部剪掉。或者都不做处理也行，根不剪掉大株些的叶片不容易萎蔫，不过要勤换水和修剪烂根，直到新根完全代替老根
对于万年青一类根部不分叉比较脆嫩的根，在洗根时要细心地保证根的完整，不要让根受伤和折断，已经折过的根可以从基部切掉，这样根就不容易腐烂。象小天使龟背这样主根和须根比较明显的，可以多剪掉一些细小的根，把过长的粗大根剪短一些，少留些根，新根的生长会快很多
发财树、榕树这样的植物入水的深度就要浅很多，只要让根稍稍沾湿就行，可以在容器里垫上卵石等做支撑，让1/3的根泡在水里就行。还有许多植物如常春藤、朱蕉、芦荟、君子兰是不适合把根全部泡在水中的，把一部分根泡在水中，只要全部的根系能保持湿润就行
滴水观音的肉质茎很容易发根，可以把水泡到你需要它发根的位置。它的肉质茎会腐烂，遇到这种情况一定要及时切除，除了切掉以外还有一个办法就是用手掰掉已经腐烂的部分，用些力把发黄的部分一直掰到一个自然形成的分离层，这样处理过以后就不会再烂下去了
一些植物在水培初期根部全部泡在水中还是有利的，等到新根已经长成可以适当降低水位让一部分根露出来，这样管理也比较方便
许多资料都介绍水培植物根部入水一半或2/3，这是个不错的方法，不过也要看植物的种类和不同时期区别对待。多数天南星科植物在水培的初期，可以把原来在土里的根全部入水，这样可以有效地减少萎蔫，并保证新的气生根能吸上水并快速地生长起来，而这些新根最能适应水培的环境也最漂亮