各地还需根据当地的肥水、土壤地力、海拔高度、农户的种植习惯和喜好，进行品种组合搭配。目前选配的品种组合主要有两类，一类是以高产矮秆杂交稻为主栽品种，以优质高秆本地传统品种作为间栽品种，另一类是高产矮秆的粳稻品种为主栽品种，以优质高秆本地传统品种作为间栽品种
品种间抗性遗传背景的选配技术参数为相似性小于75%以下；农艺性状选配原则是矮秆品种和高秆品种搭配，高秆品种比矮秆品种高30公分以上，品种组合成熟期基本一致，前后不超过10天左右。品种选配根据水稻品种抗性遗传背景、农艺性状、经济性状、当地栽培条件及农户种植习惯，进行品种选配。经济性状的选配原则是高产品种和优质品种的搭配，满足农民对高产和优质的需求，充分体现经济效益互补的原则，提高农户多样性种植的积极性
根据品种生育期的长短确定播种时间，早熟的品种迟播，迟熟的品种早播，做到同一田块中不同品种能够同时成熟和同期收获。育苗时实行稀播、拱架式薄膜增温育秧技术，培育壮秧，提高秧苗质量。播期调整为了使不同品种成熟期一致，有利于田间收割，按主栽品种和间栽品种的不生育期调整播种日期，实行分段育秧。若选配的主栽品种和间栽品种生育期基本一致，则可同时播种。一般间栽的地方优质高秆传统品种如糯稻、香稻、紫稻和软质米等品种比主栽的现代高产矮秆杂交稻品种提前l0天左右播种，达到同时移栽和同时成热
栽培管理水稻秧苗在4～5月从苗床人工移栽到大田，水稻传统移栽方式为双行宽窄条栽方式，即每两行秧苗为一组，行间距为15公分，株距15公分，组与组之间的距离为30公分
利用水稻品种多样性混栽控制稻瘟病技术,操作方法简单易行，具有明显的防治和增产效果，很快被广大农民接受，并得到了政府部门的重视。从1998年开始，在云南、四川、湖南、江西、贵州等省33个市(州)202个县累计示范推广1400余万亩，有效地控制了稻瘟病的流行。其示范推广的技术规程有：
水稻品种多样性优化种植的方式是在传统栽培的基础上，每隔4～6行秧苗(2组～3组)的宽行中间多增加一行传统优质稻。移栽时，不同的品种可同时移栽，也可在主栽品种移栽后1～3天，补栽间栽品种。矮秆高产品种(杂交稻)单苗栽插，株距为15公分，高秆优质传统品种丛栽，每丛4～5苗，丛距为30公分。田间肥水管理按常规高产措施进行，认真做好病虫监测，叶瘟不使用