金宝贝微生物菌肥存在着明显的优势，它含有多种高效的有益微生物，能用自身的“器官”（细胞）固定并转化空气中的氮素，形成“天然氮肥”，活化和分解土壤中难以溶解的磷钾矿物供花卉吸收利用（形成“天然生物磷钾肥”），同时在微生物发酵分解过程中所产生的大量激素、植物生长调节剂及多种微量元素，能有效刺激花卉生长发育，使花卉所需营养全面，因而“身体好”。另外，微生物肥料中“功能细菌”（功能细菌就好象狗类中的受过训练的“警犬”、“牧羊犬”，因具有“固氮”、“解磷”、“解钾”之独特功能而得名）繁殖产生大量的代谢产物，同时，有益菌自身优势种群以“压倒优势”进行繁殖，营养被有益菌消耗一空，使有害菌几乎得不到营养因而无法生存繁殖，这样就可抵御病菌的入侵，起到防治病虫害的作用。这是施菌肥的花卉苗木病害特别少的重要原因之一，同时它还具有保水抗旱的功能（这一点对工作特别忙的养花者或懒汉养花特别有用），而对于那些能结果的花卉，能使其果实颜色更加好看，果实更加甜美
微生物肥是近年得到广泛应用的一种新型高科技生态型生物肥料，其神奇功效正逐步得到人们的认可