但是，使用的有机肥必须是发酵好的，否则，易产生有害气体。有机肥是土壤微生物的能源，具有活化土壤微生物的功能，土壤微生物的增加可提高土壤养分的利用率，提高作物的抗病能力。为此重视有机肥是西红柿施肥技术的核心。重视有机肥有机肥所含营养元素全、肥效缓而长。一般情况下，每亩施用优质有机肥４０００～５０００公斤。有条件的也可使用微生物的接种制剂，一般情况下每亩用量２～３公斤
合理分配基肥、追肥的比例一般情况下，有机肥、磷肥、微肥和８０％的钾肥、３０％的氮肥混匀后做基肥，并将其中的２／３均匀撒于地表，然后翻于地下，其余１／３起垄时施在定植行内，其余７０％的氮肥和２０％的钾肥分别做追肥使用
西红柿进入盛果期后，根系的吸肥能力下降，此时可进行叶面喷肥，常用的方法是每亩每次喷洒１％的尿素溶液加０．５％的磷酸二氢钾溶液加０．１％的硼砂混合液４０～５０公斤，５～７天１次，连喷２～３次，有利于延缓植株衰老，延长采收期
西红柿常用的肥料品种有：尿素、过磷酸钙、硫酸钾、硼砂、硫酸锌和三元复合肥等。其中过磷酸钙在酸性土壤或旧大棚上使用效果较好。平衡使用化肥化肥有养分含量高、肥效快的特点，合理使用可弥补有机肥和土壤中所供给某种营养元素的不足，平衡使用化肥不会对作物和环境造成危害
种植大棚西红柿，施肥时需注意以下几点：