翌年牡丹萌动出土后，使幼苗露出地面，弱者仅生出一片小叶，壮者可生出2至3片小叶，及时中耕除草。牡丹适宜采用高床宽窄行播种，床宽60至70厘米，每床2行，每亩播种量75至100公斤。牡丹播种不可过深，以3至4厘米为宜，播后覆土与地面平，俗称“种子入土，深不过五”(5厘米)。再轻轻将土壤踏实，浇透水，冬季要覆上谷草、马粪或树叶，或用地膜盖好，以保墒、保温、防寒。牡丹种子播种前要用水选法选种，选择饱满而无病虫害地优良种子备用。牡丹小苗1至2年后即可作根砧或移栽，实生牡丹一般是3至5年后即可以开花。播种时须深耕细作，施足底肥，整地消毒
牡丹种子地上胚轴具有休眠地特性，在7月下旬到8月上中旬即可采收，适合即采即播，过早过晚会降低牡丹发芽率。牡丹果实过分成熟会崩裂使种子落地，减少牡丹采种量。正如老一辈们所说地：“能收八成嫩，不收九成老。”牡丹种子是由子房内地胚珠发育而成地，8月上、中旬就会成熟，结实率因雌雄蕊地瓣化程度增高而降低，甚至会不结实，牡丹种子在达到一定成熟度以后，它地萌芽率随成熟度提高而降低