由于秦淮河与南京城市的文化、商贸、居住、政治以及军事防御发展都有着密切关系，史前时期出现的原始村落，以及后来历史时期南京城市起源和发展主要在秦淮河流域形成的冲积平原，因此被称为南京的“母亲河”。山丘以北属于金川河流域，形成玄武湖等湖泊及冲积平原景观；山丘以南属于秦淮河流域，形成青溪、燕雀湖等河湖景观。为何会形成秦淮河与金川河两条支流呢？姚教授认为这主要与南京地形有关。姚教授表示，虽然现在南京市区内秦淮河段仅有30-40米宽，但远在4000年前，秦淮河河面宽为500米到800米，东吴时期，秦淮河约为300米宽。他说，南京地形以钟山－富贵山－覆舟山－鸡笼山－鼓楼岗－五台山－石头山为脉，在市区形成了一条重要的分水岭
作者:佚名
长江下游经常泛滥的结果，就形成了南京地区河网纵横的支流，其中秦淮河就是在这段时期形成的，同时还形成了金川河。距今五千年左右，长江河床日渐淤积抬高，河道因江水泛滥而在平原上作较大幅度地摆动，在全新世期间马鞍山至南京段河道摆动宽度达16至20公里
大理冰期前，古长江三角洲位于现在苏北琼港－新洋一线外侧，与古黄河三角洲衔接。姚教授告诉小编，长江自然环境的变迁影响着南京城市的起源和演化发展。在距今六千年以前，海面上升达到高峰，在现在长江下游地区很大部分地区遭受海水淹没，形成南京海湾，海湾周围沼泽遍布。到了晚更新世至全新世期间，长江三角洲的南京至镇江河段，长江河口不断向东延伸，江中沙洲大量涌现、合并以及靠岸，使得辽阔的江南逐渐束狭，长江口三角洲也因泥砂淤塞沉积而不断向东南伸展。南京地处长江下游河谷冲积平原和低山丘陵的复合部位，三叠纪及其以前的地层以浅海相为主。到了晚更新世至全新世期间，长江三角洲渐渐向南迁移
大名鼎鼎的秦淮河，历来的传说、野史以及相关典志记载，都认为是秦始皇于公元前210年下令开凿的，开凿的地点在今南郊方山附近的石坝山，而秦淮河的名称也由此而来。然而南京大学城市与区域规划系教授姚亦锋根据多年的自然地理考古，在其新著《南京城市地理变迁及现代景观》披露了研究新发现——秦淮河本是二三万年前的古长江遗迹