生产及其管理机构
苗木基地规模和类型不同，这部分的规模大小也不同，可能没有专门的设置，也可能有1至数人。负责苗木基地中各种设施与设备的正常运行和维修、更新等。由于现代苗木培育使用的设备设施的专业化水平越来越高，而社会提供专业化服务的机构越来越多，即使大型苗木基地，这方面也可能只设置少数几个监理人员，负责监督检查设备设施运行状态，并负责在出现问题时与专门机构联系进行维修和更新
所以苗木基地要重视保存管理好事物明细单、记账本、票据、货单、病虫害和杂草发生情况报告单、苗木物候和生长发育节律资料、苗木基地作业日记，苗木基地生产计划书、气候资料、仪器设备名录和使用运行状态等各种信息，并能加以充分利用。同时，苗木基地作为一个法人实体，开展各项经营活动，必然涉及苗木基地内、外部的各种复杂事务，都需要进行协调与解决，因此，应设置综合部或办公室等事务管理机构，根据苗木基地规模与实际需要配置人员，负责人事、财务、仓管、车务、对外联络、宣传接待、参观安排等。现代苗木基地经营管理对各类信息的收集、记载、整理、分析的要求很高，是苗木基地经营管理过程中准确发现问题、明确各种责任、更好地解决问题的有力手段
亊务管理机构
不论苗木基地的发展战略如何决策，苗木基地经营者即苗木基地经理都应是经啻。负责苗木基地经营、生产、投资等重大经营发展策略与制度的制订与决定，如股份制企业的董事会等
苗木经营管理机构的组成
由于销售是苗木基地经营的核心环节，因此，销售机构的负责人一般应由苗木基地经营者兼任，并配置1至多名销售经理与若干销售员，直接负责、销售计划与客户服务，以及具体的销售、接单、出货、接待等工作。电场化经营要求苗木基地设立专门的市场营销机构来收集供求信息、招揽客户和苗木订单，为客户配送苗木和提供其他顾客所需要的服务；根据市场供求信息和国民经济与生态环境建设发展趋势分析苗木需求趋势，为苗木基地经营管理决策提供基础资料；根据生产机构的要求，购置各种苗木培育生产资料和设备等
市场营销机构
决策机构的主要或重要参与者
一般来说，可以包括生产部与技术部，生产部直接负责生产技术实施、质量控制与生产安排等，可配置生产主管（队长）1~2名，下属不同的作业班组(组长1名，生产个人若干）；技术部则负责生产技术指导、监督以及新技术研发、新品种引进等，人员规模可根据实际需要配备。这些内容是苗木基地经营管理工作中最基础、也是最重要的部分，不同的苗木基地会根据苗木基地规模和各类苗木及其生产活动的情况分成多个执行机构，或者一个总的机构下设多个分支机构。苗木基地内涉及生产的工作十分复杂，如种质资源的管理与维护，种子与种条的采集、调制、贮藏、检验，繁殖前的准备与处理，繁殖技术工艺的应用，苗木繁殖与田间管理，防治，设施管理，苗木出圃与贮藏和运输，以及相关生产试验、技术研发与科学研究等。负责的各种日常工作，即苗木基地生产计划的具体实施，是苗木基地最重要的机构之一
设施设备管理机构
(1)经营决策机构