池西土山成两主峰，北峰植红叶类树木，称红叶山，南峰植苏铁，称苏铁山。一雄一雌，一阴一阳，刚柔兼济。南池东北角成水湾，架石板桥，石板为巨大长石条，与雄瀑布和池边的切石（棱角分明的巨石）共同形成雄健形象。中部景区夹于两池之间，以东西两个半岛接以红叶桥。北池中堆一岛，南北与陆地续以八石桥和土桥。红叶山的北面临池铺几个石条，做成简易码头。雄瀑布边立有景石，名洗草纸之石。两个半岛各堆土山，东面半岛南北双向各做一个瀑布，北瀑泻向北池，称雌瀑；南瀑布泻向南池，称雄瀑
阿古濑渊最古，是平安初期纪贯之的宅园涌泉遗址，置石矶若干，形成水湾，外绕以六个石板铺成的六枚桥。北区最大面积的是御田遗址，是仿照桂离宫的笑意轩远眺农田景观而作，在御田边建御田社以祈风调雨顺，成“寿山早苗”一景，现毁。北景区在北池北面，有六枚桥、阿古濑渊、码头、纪氏碑、镇守社、御田社等。现在御田遗址边上开辟菖蒲池，建立镇守社，左右立石灯笼，祭祀当地神灵。阿古濑渊的北面以土堆山，山上立纪氏石碑，碑北山腰曾有田舍屋风格的茶亭，成“茅葺时雨”一景，但现毁。站在桥上向南可见中部景区的码头
南岛最小，以岩堆成，称葭岛。池西岸铺以鹅卵石洲浜，它是皇家园林中最大的一处洲浜，是当年小田原的藩主以每石一升米代价铺成，十分珍贵，故又名一升石。南部景区分为池中景观和陆上景观。现殿皆毁，曾经的“钓殿飞萤”和“泷殿红叶”二景已失，但此处仍可观红叶和雄瀑。北桥为石桥，桥上架设以藤架。岛上曾建有泷殿和钓殿，一观雄瀑布和红叶，二为钓鱼台。南池中原有二岛，灵元上皇改成三岛，成一池三山之象
西山为土山，是古坟所在，名荣螺山。两山之间建醒花亭，内额有文徵明题的李白诗句，其中有“夜来月下卧醒花”之句，故名。南岸临围墙堆土山，东山砌石，顶名悠然台，典出陶渊明的“悠然见南山”之句。登台可借景园外的修学院、伏见城、山崎、八幡等景。此亭集酒店、饭店、茶店为一体，称为三店式，环亭有洗手钵、飞石、苔地、石灯笼等
宫门名表门，为唐式牌坊门，正殿和车寄都是唐式风格，屋顶曲线优美，庄重典雅。宫区在西北角，用土墙与园区分开。殿前后全铺以白沙，殿后植白梅、红梅、松树、吴竹（指中国竹），堆土山，引泉水，铺园路。仙洞御所总面积约49140平方米，由园区和宫区组成
园区在东面，从御殿的东南门进入，园门内有一亭子，名又新亭。南北两个水池把全园分为北、中、南三个景区，从造园细腻度上可分为真、行、草三部分，即北面为真，做得很细；南部做得较野，为草；中部介于两者之间，称行。延享四年（1747）樱町上皇命歌人冷泉为村创作仙洞十景歌，时有十景：醒花亭之樱、古池款冬、寿山早苗（毁）、钓殿飞萤（毁）、悠然台观月、泷殿（毁）红叶、茅葺时雨（毁）、止止斋之雪（毁）、鉴水夕照（毁）、神祠夜灯，这些景观大多现存。此亭是茶亭，环以竹篱，有中门、休息亭（外腰挂）、茶室
1626年，后水尾天皇因不满幕府的公家法令和紫衣事件，突然宣布退位，决意隐居修行，于是命时任作事奉行的大造园家小堀远州造园，于次年建成。仙洞御所在1661至1856年间7次火灾，今日格局为1744～1747年改造后的面貌。后水尾上皇之后，一直作为灵元院、中御门院、樱町院、后樱町院、光格院的居所。仙洞御所在京都上京区的京都御苑内，是三大皇家园林之一。它是后水尾天皇退位后慕庄子之意所建的修炼之所，又名仙院、绿洞、藐姑射山等
马场的北面又建有一个神社，称柿本社，内祀平安时代万叶歌人柿本人麻吕。冰窖边广植樱花，曾是马场所在，称樱花马场。荣螺山西面可见石条砌成的冰窖
古迹较多，古坟、古碑、古泉、古社为园林增添了不少古意，而神社的不断出现又显现出浓厚的宗教气氛。明晦广奥、高低远近，各得其所。纵观全园，山水园格局明显，堆山和理水作为主要手段，景域差别较明显