害虫种类复杂，单食性和寡食性害虫相对较多药用植物有上千种，包括草本、藤本、木本等各类植物，生长年龄有一年生、几年生甚至几十年生。因此，药用植物上单食性和寡食性害虫相对较多，如枸杞实蝇、山茱萸蛀果蛾等。它们只食害一种或几种近缘药用植物。因此，中药材的害虫种类相当复杂、繁多。由于各种药用植物含有复杂的化学成分，决定了有某些特殊害虫喜食这些植物或趋向于这些植物上产卵
由于地下部分病害发病原因复杂，防治十分困难，因而损失惨重，历来是植物病害中的难点，而这一问题在药用植物中尤其突出。这些地下部分极易遭受土壤中的病原菌及害虫的为害，导致药材品质下降甚至死亡。几乎所有的以地下部分入药的药用植物都存在严重的地下部分病害，其中以真菌病害为主，也有细菌和线虫病害。药用植物钻蛀性害虫和地下病虫害为害严重药用植物钻蛀性害虫和地下害虫种类多、为害严重，尤其是常常为害药用部位（花、果、根、茎等），造成对产量的直接威胁。许多重要药用植物的根、块根和鳞茎等地下部分，既是药用植物营养成分积累的部位，又是药用部位。在生产上较为突出的例子如人参锈腐病和根腐病、贝母腐烂病、白术根腐病、附子白绢病、当归根腐病等
道地药材和病虫害的关系我国药用植物栽培有历史形成的主产区，也有引种栽培的新植区，在主产区栽培的药材称为道地药材。由于地方昆虫区系决定了道地药材的害虫种类，又因主产区相对种植面积较大、长期栽培，病源虫源积累较多，致使某些病虫害发生严重。如地黄主产河南，当地是棉花产区，因此棉红蜘蛛为害十分严重；其他新植区面积较小，棉红蜘蛛为害较轻。北沙参钻心虫在山东发生严重，引种到河北等地，均未发现此虫为害
由于这些繁殖材料基本都是药用植物的根、块根、鳞茎等地下部分，本身常常受到严重的病害侵染，所以它们是病害的重要侵染来源。这些种苗不仅用于主产区，还常被引种到新产区。如牡丹分根栽植时，不剔除带有根结线虫的根段，致使根结线虫病发生严重。无性繁殖材料是病害初侵染的重要来源许多重要的药用植物采用无性繁殖，如地黄、贝母、元胡等。有些是种子育苗后用种苗扩大种植，如人参、当归等