这里的鸟类、底栖动物、浮游生物多样性列全省湖泊湿地第一位；水禽、兽类、两栖爬行类生物多样性列全省湖泊湿地第二位；并有超过40种珍稀濒危保护物种和4种特有鱼类，3种特有两栖爬行动物，7种特有底栖动物，是我国重要的种质基因资源。日前，国家高原湿地研究中心完成的“滇池高原湿地综合科考”显示：滇池仍然是我省生物多样性较为富集的区域，相对云贵高原的其他湖泊，仍保持较好的生物多样性与自然性
国家高原湿地研究中心承担了昆明市委、市政府“滇池高原湿地自然保护区综合科学考察”课题，从2009年开始，通过综合科考发现：作为云贵高原最大的也是结构上最典型的高原湿地生态系统，滇池湿地仍保留有最基本的特征、自然属性和丰富生物多样性，有重大的保护价值
这次综合科考从滇池高原湿地地质成因入手，包括湿地生态系统底栖动物、浮游生物、昆虫多样性的调查研究；人为干扰影响下的生物多样性特征考察；陆地汇水流域生物多样性考察研究。发现这些珍贵物种生存的空间已经极其狭小、封闭。滇池高原湿地通过近两年来“四退三还”、入滇河道污染综合整治，人工湿地建设等，使大量外源污染物得到有效控制和消减，入滇池河流水质及生态环境明显好转，2009年连续12个月的水质监测表明外海水质从劣Ⅴ类上升至Ⅴ类