秋季作物收获后，结合施基肥进行耕耙，整平耙细，第二年春季再进行育苗生产。轮作是在苗木出圃后，种植一年农作物或培育与前茬苗木不同种类苗木，农作物一般以种植黄豆、绿豆等豆料作物为好。苗木换茬一般有针叶树种与阔叶树种交替、深根树种与浅根树种交替、培育小苗与培育大苗交替等几种形式
施有机肥的方法主要有基肥、追肥、种植绿肥三种
一、合理耕作
追施有机肥主要以腐熟的粪肥和尿为主，追肥应分散施用，可采用条状挖沟施肥，也可与中耕结合进行；育大苗可采用在苗根周围挖穴或圆形、辐射状挖沟施用，追施有机肥后应及时浇水
基肥包括草炭、厩肥、堆肥等，基肥必须腐熟，应在整地前将肥料撒均匀，然后结合整地翻耙到土壤中，育苗前应施足基肥，根据苗圃土壤情况和培育苗木的类别不同，确定施肥量，一般为每公顷66.6千克-133.3千克
休闲是恢复苗圃地力的一种有效方法，苗圃地经过一定年限培育苗木后，土壤肥力会减退，最好的解决办法是每出圃一茬苗木，圃地休闲一年或轮作，休闲时将土地闲置，待雨季将地上的杂草翻压在水中，任其腐烂以作肥料。翻压时间过早，翻耙后还会生长杂草，时间过晚，杂草种子成熟，易造成第二年苗圃荒芜
合理耕作还能改良土壤结构，加强土壤的透水性和蓄水保墒能力，在一定程度上还能消灭杂草和病虫害。耕作措施是育苗的重要环节，合理耕作能改良土壤理化性质。合理耕化可增大土壤孔隙度，增强土壤通气性，有利于根系呼吸和养分吸收。土壤中空气增多，还易于提高地温，减少昼夜温差，促进土壤微生物活力，加快有机物质分解
二、休闲轮作
特别是近些年由于国有苗圃经济危困，群众育苗受短期行为影响及缺乏科学指导，致使苗圃土壤肥力逐年衰退，育苗质量和产量不断下降的问题表现得十分突出。根据多年育苗生产和苗圃土壤管理的实践，我们总结出如下保持苗圃土壤肥力的措施。在育苗生产中，随着育苗年限的增加，苗圃土壤肥力下降的现象十分普遍。土壤是育苗生产的物质基础，是苗木所需水分和养分的来源，而土壤肥力则是苗圃功能持续发挥作用最关键的因素
三、施有机肥
中耕要选择最佳耕作时间，土壤湿度过大时，中耕会破坏土壤结构，耕作后的土壤的空隙度、渗透度和通气状况都明显恶化，对苗木生长构成不良影响，一般作为土壤含水量超过凋萎含水量，并低于田间持水量的70%时，最适合耕作，重壤土不超过37%，轻壤土不超过30%，沙壤土不超过22%，土壤过湿严禁耕作
在育苗过程中用地、养地和护地的最有效手段是增加土壤有机肥料。土壤施入一定量有机肥后，为微生物生长繁殖创造了有利条件，还可以通过分解和生化作用，形成腐殖质、果胶和多糖等有机胶体结构，这些胶凝物和土壤复合形成大小不等、形状不同的团聚体和团粒结构。提高土壤的有机质含量，对提高地温，保持良好的土壤结构，调节土壤的供肥、供水能力均起着重要作用
如土壤坚硬或耙后多土块且打不碎，可浇一次水，待表层土干燥而底层土潮润时再耕；如土壤过湿耕地后易成土坯易破坏土壤的物理性质，因此土壤过湿时不宜整地。耕作包括整地和中耕。苗圃整地最好在秋季进行秋耕秋耙，也可秋季起苗后随即耕耙。为了使土壤结构良好，整地时土壤湿度至关重要，当土壤凝聚性、可塑性、黏着性小时，整地效果好，当土壤含水量为饱和含水量的50%—60%时耕地阻力最小、效率最高、质量最好。苗圃地耕后要耙透搂细，不应有大的土块，要消除草根、石块。如必须春季整地，宜在土壤化冻够一定深度时方可耕地，以利保墒，整地深度在20厘米左右，如育大苗可适当深些。整地的目的在于改良土壤结构，提高土壤肥力，保持水分，消灭杂草和病虫害，以利于苗木生长
种植绿肥可与苗圃地休闲或轮作结合进行，以苜蓿、大豆、紫穗槐等豆科植物为最好，播种密度要大，在雨季植株鲜嫩、种子未成熟时，将其翻入土中，任其腐烂以作肥料