加重病虫害：桃树与梨树混栽，梨小食心虫以桃、梨互为寄生，易造成虫害的大发生。苹果树与桃树混栽，会加重根腐病、轮纹病、炭疽病的发生。苹果树与梨树混栽，长期潜伏在梨树上的果锈病原体会引起苹果树发生果锈病害
若顾及桃树而不给梨树浇水，则梨树也长不好。需水量不同：有的农民在梨园里补栽桃树，因梨树比桃树的需水量大，按梨树的需水情况浇水，结果导致桃树陆续死亡
很多果农，为了提高产量，常把果树混栽，其实这种做法是不对的。有的果树混栽，确实能提高产量，但有一些果树在混栽期间就互相排斥，导致产量都下降
分泌物伤害：桃树与苹果树混栽，前者分泌的桃树黏液会伤害相邻的苹果树。据，有个林业站将桃树与苹果树混栽，栽后第７年还不能正常结果
若苹果园或梨树园里混栽桃树，喷施的波尔多液会随风飘散，难免使桃树遭受药害。施药矛盾多：波尔多液是苹果树和梨树最长使用的防病药剂，但桃树对其却非常敏感。另外，各种果树发生的病虫害种类不同，发生程度和时间各异，用药就会有所不同，该喷药的果树在施药时，其他果树就会被动吸收，从而导致害虫和病菌产生抗药性，并且也会伤害天敌