干燥贮藏法
种子入库后，做好防潮隔湿，合理通风及温度，水分、发芽率等各项检查工作。种子贮藏期间应定期对种子进行温度、含水量、发芽率等项目的检查。辣椒杂交种子入库前，应对仓库进行维修检查和消毒，消毒施药后应密闭贮藏库72小时左右，然后通风24小时，种了才可入库
入库时，将辣椒杂交种子装入双层聚乙稀高密度薄膜袋（规格为60厘米×100厘米）内，每袋种子重10千克左右，最多不超过12千克，再将装入纱网袋的变色硅胶（2—3千克）埋入种子中。干燥贮藏法就是把辣椒杂交种子干燥到符合密封贮藏要求有含水量以下，通过控制氧气供应和降低种子含水量来抑制种子自身代谢活动，用各种不同的容器或不透风的无毒包装材料密封起来进行贮藏的方法。如果种子含水量超过8%，应晒种或适当多放一些硅胶。尽量排除袋内空气后，用绳子扎紧袋口。每袋种子必须配有内外标签，注明品种，代号、重量、来源、入库日期、含水量、发芽率、净度、纯度等项目，内标签放入两层薄膜袋之间，正面朝外，外标签贴在袋下面的侧面
普通贮藏法
低温贮藏法
如果仓库内温度维持在5℃±2℃，相对湿度为50%±5%，严格控制种子水分在8%以下，可安全贮藏7—8年。种子入库装袋堆垛等操作与室温干燥贮藏法相同，不同的是将辣椒杂交种子贮藏在低温、低湿仓库内。在大型的种子贮藏库中，采用机械制冷用排湿机等设施使仓库内的温度控制在5℃以下，相对湿度在55%，以下的种子贮藏方法
每垛宽度以2行为宜，1.2米左右，垛高一般堆叠10层，最多为12层，以不超过人高为准，垛长则根据仓库和种子量而定，垛的方位是东西向。堆放辣椒杂交种子时，先将每袋种子推开抹平，然后堆放成一字形垛。垛堆距仓壁0.5米，两堆垛之间应留有0.6米宽的走道，贮藏时间，定期检查种温，水分、发芽率等、翻仓更换硅胶，以保证种子含水量在7%—8%，种子袋内相对湿度在40%左右