合理施肥，精细整地，增施腐熟有机肥及5406菌肥。出苗后病害始发期，用80%退菌特或20%稻脚青可湿性粉剂1000倍液灌根，或用25%多菌灵可湿性粉剂500倍液喷棉苗2~3次。加强苗期管理，适当早间苗，适时早中耕，注意降低土壤湿度，提高地温，培育壮苗，雨后注意排水，防止湿气滞留。适期早播，春棉花应在5厘米深处土温稳定在14℃时播种，播深4~5厘米。播种前精选棉种，并用种子重量0.5%~0.8%的50%多菌灵可湿性粉剂或种子重种。提倡采用脱绒包衣棉种，可提早出苗3~4天，减少发病。合理轮作与禾本科作物轮作2~3年以上
死苗易从土中拔出，其基部或根系上可见稀疏的丝状物及粘附在其上的小土粒。棉苗失水较快，一般不倒伏。侵染幼茎茎基部初现纵褐条纹时迅速扩展绕茎一周，使其缢缩变细，出现茎基腐或根腐。主要危害棉苗。湿度大时病部可见稀疏白色菌丝体，并有褐色的小菌核粘附其上。症状俗称棉花黑根病、烂根、腰折病。侵染子叶及幼嫩真叶形成不规则褐色坏死斑，后干枯穿孔。侵染种子引起烂种或烂芽，病种子多呈褐色软腐状，挤压时流出黄褐色粘液