有些基质(如蛭石、炉灰渣等)在反复使用过程中颗粒易破碎，增多粉末，不利于透气，因此必须定期进行更换或将其筛出，补进新的基质。百菌清在扦插前1天用百菌清1000倍液消毒基质。如需反复使用，应对基质进行消毒。基质一般不可重复使用，以避免携带病菌造成插穗感染
扦插繁殖时，扦插物容易发生腐烂从而导致扦插失败，这就要求在扦插之前做好扦插基质的消毒工作，常见的基质消毒方法有下面几条：。利用植物营养器官如根、茎、叶的一部分，插于基质中，成长为一个完整的新植株，这种繁殖方法被称为扦插繁殖
高锰酸钾溶液(或福尔马林、硫酸亚铁溶液)扦插前1～2天，用0.5%的高锰酸钾溶液或福尔马林50mL/平方米加水稀释喷洒后用塑料薄膜覆盖3～5小时密封熏蒸;或用2%～3%的硫酸亚铁溶液喷洒，每平方米喷洒5kg左右，2～3天后扦插
高温消毒法对于用量少的基质(土壤)可采用高温消毒法，将其倒入加热到120～150℃的铁锅中炒30～50分钟
药物杀菌法用量大的基质一般采用药物杀菌法
多菌灵将50%多菌灵粉剂50g均匀拌入1立方米的土壤内，用薄膜覆盖3～4天，揭膜1周后可用。也可在扦插前用25%多菌灵可湿性粉剂500倍液浇灌苗床消毒，24小时后扦插