3天后灌水淹没稻田，水深以淹没稻桩为宜。广东一般使用触杀型灭生性除草剂克无踪或内吸型灭生性除草剂甘膦进行除草，其中克无踪为首选农药。浸泡3-5天后再抛秧。浸田时施过磷酸钙、碳酸氢铵或复合肥等作基肥，可加速稻桩和杂草的腐烂。使用克无踪的最佳方法是：每亩喷施克无踪200-250毫升，加碳酸氢铵或氯化钾2-2.5千克，对水量为50-60升，均匀地喷洒于稻桩和杂草茎叶上，并注意对漏喷的地方进行补喷。另外，由于克无踪对某些单子叶杂草如稗草、牛筋草等防效一般，对此类杂草生长特别旺盛的区域，可与内吸型除草剂农达等结合使用。由于免耕抛秧稻田使用克无踪除草见效快，喷施1天后浸泡1天，也可抛秧，这对于时间紧迫的晚季较有效，但须依具体情况慎重进行
否则以后禾头难以腐烂，再生率增加，且抛秧时秧苗易搁在禾头上。另外，一定要在田面无水时喷施，否则无法达到灭生效果。晚季免耕抛秧时更应注意。抛秧前田间除草灭茬是决定免耕抛秧成败的关键技术。首先要求前作尽可能低割禾头，一般不要超过15厘米
抛秧前1天或抛秧7天内结合第1次追肥施用化学除草剂。抛秧前1天施用的可用农思它、恶草灵或去草胺等，抛秧后除草，早稻于抛秧后4-5天，晚稻于抛秧后3-4天用农得时、恶草灵等