1、植物包体。在琥珀中保存有伞形松、种子、果实、树叶、草茎、树皮、水杉等
2、动物包体。在琥珀中保存有甲虫、苍蝇、蜻蜓、蚂蜂、蚂蚁等数百种动物，但局部所见是为数不多的，并且动物个体完整者少见，多为从险恶的处境中挣脱出来时，那些仍留下残肢断腿的碎片
比如黑色杂质可能是碳质，褐色杂质可能是铁、锰质浸染的泥土、砂砾、碎屑在琥珀风化剥蚀过程中或树脂流动过程中被包裹进去的。5、杂质。多为充填在裂隙空洞中的杂质
4、旋涡纹。多分布于昆虫包体周围，可能为昆虫挣扎时形成的，也有是在琥珀形成过程中，有外来颗粒掉入其中而形成的
有的局部集中，也有的呈分散状。3、气、液包体。有些琥珀中可见圆形、椭圆形气泡，这些气泡中还有气、液的两相包体
和大多数天然宝石一样，琥珀也存在一些天然瑕疵，无论是肉眼或显微镜观察，琥珀内部的内含物、包体、杂质等较为常见，按种类划分有动物包体、植物包体、气液包体、漩涡纹、杂质以及裂纹等。这些都是天然琥珀的内部特征，同时也是与人工琥珀不同的地方
6、裂纹。琥珀中裂隙发育所致，其中常见黑色物质（碳质）或褐色物质（铁染）充填，这些羽状裂纹可能是受压造成的或风化、搬运迁移、石化等过程中受压所致