但是，养殖业无限制膨胀，湖区养殖空间越来越小，养域污染较为严重，养殖品种单一，效益低下，等等，使低级循环渔业经济增长方式，不再适应现代渔业发展需要。微山县以经济结构调整为契机，大力发展新品种、应用新技术，力促渔湖养殖业迈步现代农业发展轨道。“靠山吃山，靠水吃水”。微山县境内占全县面积三分之二的微山湖，让广大渔湖民多年来依赖一湖大水，发展养殖业让他们的生活得到改善
通过科技特派员驻村包户，向养殖户"传经授宝"，引导养殖户实现养殖科技含量高经济鱼类、进行无公害健康养殖等，促使渔业科技成果转化速度明显加快，健康养殖技术得到推广应用，水产品质量安全水平进一步提升。以水产健康养殖为主要内容，采取常规性科技服务与标志性活动相结合方式进行。常规性科技服务主要实施技术培训、专题研讨、专家咨询、现场指导、编印资料、技术合作等；标志性活动与科技入户、科技救灾、科普下乡、基层渔业技术推广体系改革、农村实用人才培训、水产健康养殖示范场建设和水产技术推广示范等工作相结合。开展渔业科技服务
2008年，全县渔湖业养殖总面积发展到32万亩，水产品总量达到16.8万吨，渔业总产值达到26.6亿元。凭借得天独厚的一湖清水，不是停留在低级的养殖面积扩张上求效益，而是坚持科学发展，发展新品种、应用新技术，调整渔湖养殖业产业结构，走生态养殖模式，山东省济宁市微山县渔湖养殖业得到蓬勃发展
大力发展生态、品牌渔业。抓住当前扩大内需，加快经济发展的机遇，着力发展无公害水产品、绿色食品和有机水产品，鼓励商标注册，开展名牌产品评选认定，努力打造一批特色鲜明、质量稳定、信誉良好、区域市场占有率高和具有微山湖优势及特色的微山湖乌鳢、微山湖河蟹、微山湖泥鳅等名牌为主导品种的优质水产品规模养殖基地，形成全国乌鳢生产经营的重要集散地和中国北方主要的河蟹生产基地
通过科学论证，兼顾现实，各乡镇确定养殖利用水域总量，具体到水域、到村、到养殖户。按照南水北调工程调水要求，进一步明确常年禁渔区、水生经济植物栽培种植区、捕捞养殖区和休闲、观光旅游渔业区区线。落实南四湖渔业功能区规划。并制定轮养轮休使用水域办法，确定水域开发经营模式，采用系统工程的方法制定实施南四湖渔业水域功能规划和南四湖清洁养殖规划，促进湖泊生态环境的修复，实现生产与环境的和谐发展。规范养殖行为，集中力量，对南四湖水域的全部航道、河道、泄洪道的网箱、网围进行清理、整治，明确禁养界线与控制距离，达到限养、有偿、有度使用，水清质优的目的