对人参、西洋参、北沙参、黄连、五味子、乌头、黄柏的种子要采用低温处理的方法，以打破种子的休眠，促其发芽。将西洋参种子拌在清洁的细河沙中并保持７％的湿度，在地下室或室内（室温为10℃～15℃）放置60天后，裂口率可达80％以上，胚长达4.15毫米，再在０℃～５℃的低温下处理120天，通过生理后熟阶段，发芽率可达80％左右
对老熟硬实的种子可使用70％～80％浓度的硫酸溶液浸泡３～５分钟，迅速取出在流水中冲洗30分钟后播种。对种皮硬实、含有胶质或蜡质、吸水力差的种子，如山茱萸、党参、杜仲、黄芪、穿心莲、辛夷的种子，可分别采用机械损伤、剥壳的方法处理，或用赤霉素等化学药剂和生长激素进行处理。黄芪的种皮不透水，要将种子用石碾碾至种皮颜色由棕黑色变为灰棕色时再播种，也可用细沙摩擦至种皮发亮时带沙播种
大部分中药材都是通过种子繁殖，因此必须选择品种纯正、无病虫害、粒大且重、经过妥善贮藏和科学处理的种子才能保证一播全苗。药材种子的处理方法有以下几种：
对大多数容易发芽的种子，如大黄、甘草、防风、白术、泽泻和决明子的种子，用冷水或温水（40℃～45℃）浸种12～24个小时后再进行播种