土窖贮藏
除了用筐（箱）藏之外，还可用架藏。消毒后在每层架上码4-5层的番茄，进行贮期管理。具体操作方法是：用角铁、竹板做成菜架，层高30-40厘米，宽度80-100厘米，底层距地面20厘米，在每层架上铺上柔软的衬垫物，然后进行消毒
装筐（箱）时注意不要过厚，一般码4-5层，以防压伤底部的果实。贮藏期间通过通风换气的方式进行温、湿度的调节并注意观察番茄品质的变化，一般每7-10天检查一次，挑出过熟的果实上市销售。码垛前，在窖底铺上一层高约10-15厘米的枕木，然后在枕木上码成花垛，垛与垛之间距离为30-40厘米，垛与墙的距离为20厘米，垛与窖顶距离为20-30厘米，以利通风换气。番茄在入窖前，去除伤、病、虫等不合格的果实，将好果装入果箱或果筐
简易气调贮藏
为了防止微生物的生长和繁殖，可用仲丁氨进行消毒，按每立方米帐容0.05毫升的用量将仲丁氨注射到某一多孔性的载体上，如棉球、卫生纸等，然后将有药的载体悬挂于帐内，注意不要将药滴落到果实上，否则将会引起药害；也可用氯气，每3-4天进行一次消毒，用量为帐容的0.2%；或者用漂白粉，用量为每1000千克的番茄帐内用漂白粉0.5千克，有效期为10天。此外，还可在帐内加入一定量的乙烯吸收剂，防止番茄在贮藏过程中变色和后熟
用此法贮藏番茄，效果好，保鲜时间长。为了防止帐顶和四壁的凝结水落到果实上，应使密闭帐悬空，不要紧贴菜垛，也可在菜垛顶部和帐顶之间加衬一层吸水物。为了防止二氧化碳浓度过高，可在枕木间均匀撒放消石灰，用量为每1000千克番茄需消石灰15-20千克，然后将箱装或筐装的番茄码放其上，码成花垛。码好的垛用塑料大帐罩住，大帐的四壁和垫底薄膜的四边分别重叠卷合在一起并埋入垛四周的沟中，或用土、砖等压紧，这样就构成了一个密闭的环境，可以采用自然降氧法或人工降氧法来调节氧气和二氧化碳的浓度。然后在贮藏场所内，先铺垫底薄膜（一般为聚乙烯塑料薄膜，厚度为0.12-0.2毫米），其面积略大于帐顶，上放枕木。具体做法是：贮藏前先将贮藏场所消毒（包括所用容器及包装）并降到适宜温度，一般为10℃左右
在贮藏过程中，应定期测定帐内的氧气和二氧化碳含量，当氧气低于2%时，应通风补氧；而当二氧化碳高于6%时，则要更换一部分消石灰，以避免因缺氧和高二氧化碳造成的伤害
品种及贮藏特性
用于长期贮藏的番茄一般选用绿熟果，适宜的贮藏温度为10-13℃，温度过低，则易发生冷害，不仅影响质量，而且也缩短了贮藏期限；用于鲜销或短期贮存的红熟果，其适宜的贮存温度为0-2℃，相对湿度为85%-90%，氧和二氧化碳浓度均为2%-5%。番茄性喜温暖，不耐0℃以下的低温，但不同的成熟度对温度要求也不一样
架藏的优点是：在贮藏期间便于对果实进行观察，发现问题及时处理，损耗较小，但成本较高