美丽异木棉很少病害，在少数长势不佳的个体上会发生茎腐病，整条树干会发腐变黑，发生这种病时，要除去病株，防止扩散，然后用多菌灵800倍液进行防治
树体羸弱的美丽异木棉会发生红蜘蛛危害，当受到红蜘蛛的侵害时，叶片会变黄，防治红蜘蛛可用螨清克800至1000倍液喷施
美丽异木棉的虫害不多，主要有金龟子食叶危害。在虫害高峰期，每个星期要喷一次常规的杀虫药（乐果、敌敌畏），喷药时间要安排在下午5点以后进行。金龟子的危害有一定的规律：每年有2个高峰期，一次是5至6月份，另一次是9至10月份，而且金龟子是在傍晚6至8点钟出来危害，在防治时要抓住这个规律进行防治。另一种防治金龟子的办法是用黑光灯进行诱捕