自然环境下，种植抗病品种后，一些处于弱势的稻瘟病生理小种会上升为主要致病因素，使原来抗病的品种变得感病。将对稻瘟病的抗性作为育种目标选育品种，在筛选鉴定时必须考虑到品种对当地稻瘟病生理小种的抗性。新品种的抗性一般只能稳定3～5年。穗颈瘟的发生与品种抗性有很大关系
近年来，许多地方改种对水稻条纹叶枯病抗耐性较好的品种，由此也造成了一些对稻瘟病特别是穗颈瘟抗性较差的水稻品种被大面积应用。为此，专家提醒稻农，水稻抽穗扬花期若遇连阴雨天气，应警惕穗颈瘟的大发生
据介绍，稻瘟病在水稻苗期、移栽后的分蘖期和抽穗期侵染，形成苗瘟、叶瘟和穗颈瘟。其中穗颈瘟对水稻影响最大，危害主穗梗至第一枝梗分枝的穗颈部及穗轴、枝梗，使产量和品质下降
穗颈瘟的发生，主要决定因素还是抽穗扬花期的天气情况。近几年气候条件不适合病菌侵染，田间几乎采集不到稻瘟病病株。抽穗期（8月中下旬）阴雨连绵、气温低，易流行。根据气候的变化规律推断，今年水稻抽穗扬花期遇连阴雨天气较多，再加上田间菌源充足，穗颈瘟易发生，生产上应加以警惕
防治穗颈瘟方法，一是选用抗病品种；二是合理施肥，增施有机肥、磷钾肥；三是科学用水，避免深水漫灌，保持田间湿润，连阴雨天注意清沟排水；四是应用药剂防治，在破口前2～3天，每亩用40％富士1号乳油75～100毫升或20％三环唑可湿性粉剂100克，加水50～75公斤喷雾，7～10天后根据天气情况再用药一次