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施肥对水体的污染主要是过量施用氮、磷化肥造成水体富营养化，从而导致水生植物急剧增长，大量耗去水中的溶解氧，引起鱼、虾、贝大量死亡，使水质变劣，失去饮用和灌溉价值
化学污染主要来自生产化肥的矿石，最突出的是磷肥，磷矿石中含有砷、镉、铬、氟和钯等有害金属。生物污染主要是由于未经无害化处理的有机肥、垃圾、粪便中常含有可致植物病害和污染农产品、危害人体健康的病原微生物造成的。物理污染主要来自未清理的垃圾和保护地栽培，如碎玻璃、方便袋、碎瓦块、旧薄膜等会降低土壤通气、透水、保肥的能力，妨碍作物根系生长。施肥对土壤的污染主要有化学污染、生物污染和物理污染。城市垃圾中常常混杂含有毒重金属的废电池和废油漆等，也不能用于无公害农产品生产
为了推进无公害农产品生产，努力减轻施肥对农产品和环境的污染，应大力推广平衡施肥技术，努力提高肥料利用率，减少养分损失，促进种植业提质增效和农业的可持续发展。通过平衡施肥，满足作物对各种营养元素的需求，提高养分的利用率，减少偏施某种肥料而造成的养分损失，以生产出优质的农产品，同时减轻对环境的污染
只有坚持在施用经无害化处理的有机肥、商品有机肥、有机无机复合肥基础上，适时适量施用氮、磷、钾肥和微肥，才能改善农产品品质、提高产量、培肥土壤、保护环境，促进无公害农产品生产的稳步发展
目前生产上偏施氮肥的现象仍较普遍，这不但不利于作物的优质高产，而且还会导致瓜果菜中硝酸盐含量超标，危害人体健康。钾肥的施用应当引起足够的重视，因为钾是品质元素，满足作物对钾的需求，既可生产出高品质的农产品，又能大大增强作物的抗病能力，从而减少农药用量，减轻农药残留对农产品和环境的污染。磷肥的用量也要加以控制，以减轻环境污染和节约农本。沿海地区，土壤中氯离子含量偏高，所以应选用硫酸钾或硫酸钾复合肥用于瓜果菜生产，以提高品质和产量。化肥的施用原则是：控制氮、磷肥用量，增施钾肥，配施微肥
上述气体均会对大气造成污染。尿素、碳铵不深施，会产生氨气挥发到大气中；土壤通气不良，硝态氮肥经反硝化作用生成氮氧化物气体；有机肥嫌气分解产生硫化氢、甲烷等气体
医院的粪便、垃圾因含有大量病原物和有害物质，禁止用于无公害农产品生产。秸秆及有机肥料不但能供应作物各种养分，而且有利于改良土壤，提高土壤保肥保水能力，既利于农产品优质高产，又可减少养分流失，减轻环境污染。鸡粪含有较多的盐分，不宜大量、连续施用，否则会增加土壤的氯离子含量，不利于农产品品质的改善。但有机肥必须经过无害化处理才能用于无公害农产品生产。坚持秸草还田，增施有机肥料，是生产优质农产品、净化环境的基础条件
随着我国加入WTO和人们生活水平的不断提高，市场对安全、卫生、优质农产品的需求量日益增多，无公害农产品的生产越来越引起全社会的重视。而施肥不当不但会使农产品品质变差、产量降低，而且往往会造成土壤、水源、大气和农产品的污染。作为无公害农产品生产基地，首要条件是产地的土壤、灌溉水、大气质量必须符合相关标准
施肥对农产品的污染主要有两个方面：一是未经无害化处理的有机肥中含有致人生病的病原体污染农产品；二是过量施用氮肥，造成蔬菜中硝酸盐含量增加，过量的硝酸盐在人体内会逐步转变成强致癌物质-亚硝胺