吴昌硕绘画的题材以花卉为主，学画较晚，40岁以后方将画示人。菊花多作黄色，亦或作墨菊和红菊。他酷爱梅花，常以梅花入画，用写大篆和草书的笔法为之，墨梅、红梅兼有，画红梅水分及色彩调和恰到好处，红紫相间，笔墨酣畅，富有情趣，曾有“苦铁道人梅知己”的诗句，借梅花抒发愤世嫉俗的心情。菊花也是他经常入画的题材。前期得到任颐指点，后又参用赵之谦的画法，服膺于徐渭、朱耷、扬州八怪诸画家的画艺，从中受惠甚多。又喜作兰花，为突出兰花洁净孤高的性格，作画时喜以或浓或淡的墨色和用篆书笔法画成，显得刚劲有力。画竹竿以淡墨轻抹，叶以浓墨点出，疏密相间，富有变化，或伴以松、梅、石等，成为“双清”或“三友”，以寄托感情。荷花、水仙、松柏也是经常入画的题材。墨菊以焦墨画出，菊叶以大笔泼洒，浓淡相间，层次分明。他画菊花或伴以岩石，或插以高而瘦的古瓶，与菊花情状相映成趣。菜蔬果品如竹笋、青菜、葫芦、南瓜、桃子、枇杷、石榴等也一一入画，极富生活气息。晚年较多画牡丹，花开烂漫，以鲜艳的胭脂红设色，含有较多水分，再以茂密的枝叶相衬，显得生气蓬勃。作品色墨并用，浑厚苍劲，再配以画上所题写的真趣盎然的诗文和洒脱不凡的书法，并加盖上古朴的印章，使诗书画印熔为一炉，对于近世花鸟画有很大的影响（见彩图《岁朝清供图》（清））
吴昌硕作画用“草篆书”以书法入画；线条功力异常深厚。用色上似赵之谦，喜用浓丽对比的颜色，尤善用西洋红，色泽强烈鲜艳。名重当时的画家任伯年对吴昌硕以石鼓文的篆法入画拍案叫绝，并预言其必将成为画坛的中流砥柱。虽然从状物绘形的角度看其线条的质感似乎不够丰富、切实，但恰恰是舍弃了形的羁绊，吴昌硕的绘画才步入了“意”的厅堂，从而形成了影响近现代中国画坛的直抒胸襟，酣畅淋漓的“大写意” 表现形式。吴昌硕最擅长写意花卉，受徐渭和八大山人影响最大，由于他书法、篆刻功底深厚，他把书法、篆刻的行笔、运刀及章法、体势融入绘画，形成了富有金石味的独特画风，他自己说：“我平生得力之处在于能以作书之法作画。”他常常用篆笔写梅兰，狂草作葡萄。所作花卉木石，笔力老辣，力透纸背，纵横恣肆，气势雄强，布局新颖，构图也近书印的章法布白，喜取“之”字和“女”的格局，或作对角斜势，虚实相生，主体突出