在冬瓜入库前2—3天应全面进行库内消毒灭菌，即以高锰酸钾烟熏雾蒸窖库。这种结构具有恒温性高、凉爽、通风方便、干湿度易控制的优良特点。贮藏窖库的准备贮藏窖库的大小根据所贮冬瓜的数量决定，农家自备窖库多以30平方米左右，能贮万斤即可，建造多以半地下方式，即建造窖室高约3.6米，地表上下各1.8米，四周设有窖库窗，前后左右对开，以便于通风、换气
冬瓜贮藏期，只要能掌握好温、湿度环境条件，一般均可贮藏3—4个月或更长时间。堆贮的冬瓜应先在库底垫上干草或草帘，然后在上面摆放冬瓜，一般不超过三层，以免压伤损坏。架贮冬瓜因通风较好，效果比堆贮的要好，但架贮冬瓜也应在贮存架上先垫铺干草等柔软通风材料，然后再将冬瓜摆上去。贮藏方法及注意事项选择已经过严格挑选好的整齐、无破损的冬瓜于库内堆贮或架贮。贮藏期间，特别是冬瓜刚入库时，应注意加强通风，在中午气温较高时，一定要打开库窗进行通风换气，这样既可排除潮气，又能降低湿度，保持库内干燥状态。在摆放过程中，应根据冬瓜在田间生长时的状态进行摆放，即田间是竖立着生长的，贮藏时也应竖立着摆放，田间是爬地横着生长的，贮藏时也应横着摆放，一定要做到田间怎么长，窖库怎么放，切不可错置，因为瓜瓤已适应其重力作用方向，贮藏时保持原有的重力方向，瓜瓤不易产生裂伤，贮藏时间便可以更长一些