有些化肥如石灰氮，如果直接施用，会在土壤中转化，分分解过程中产生一种有毒物质，毒害作物根部。又如在水稻田施用过量的硫酸铵后，稻根会因硫化氢毒害变黑，引起作物受害乃至死亡
尿素不宜作种肥，过磷酸钙拌种用量不能过多，追施化肥一次不宜地多，最好是兑水施或拌土施。为预防肥害发生，应科学施用化肥，最好深施。碳铵不宜在高温时施用，石灰氮不能直接施用，要拌细土域农家肥，进行堆积沤制，待毒素消失后再用
毒害型肥害
烧伤型肥害
如水稻旱育身苗床，身苗二叶一心时，每平方米施尿素2公斤左右，就会发生反渗透而烧根，进而引起植株发黄，如不及时采取补救措施，就会造成死苗。由于一次施用化肥过多，或施用浓度过大，或土壤水分不足，施肥后，土壤内肥料浓度大，引起作物细胞内水分反渗透，造成作物脱水，往往使作物出现萎蔫，像霜打或开水烫的一样，轻者影响作物政党生长发育，重者造成死亡
又如前所述，在旱育身苗床，施尿素或其它速效性化肥时，盖上农膜，其膜上的露珠因肥料浓度大，滴于身苗叶片上，滴一点便形成一个烧伤似的叶斑。有的化肥，如碳铵在气温比较高的情况下施用，容易产生大量氨气，浇伤作物叶片，轻者作物下部叶尖发黄，重者全株赤黄枯死
脱水型肥害
其它肥害现象
又中过磷酸钙拌种，如用量过多，也会影响种子发芽。用尿素作种肥或拌种，因尿素是高浓度肥料，又含有一定量的缩二脲，与种子接触后会影响发芽，乃至丧失发芽力。据试验，用1%的硼肥浸大豆种4小时后播种，完全不发芽。氯化肥会伤害忌氯作物