目前，天然无色托帕石经热处理、辐射处理的改色托帕石在市场中占有一定数量，其颜色性质稳定，特性与天然托帕石均无差异，鉴别起来有一定难度。购买此类托帕石时，一定要商家出具权威可信的鉴定证书。这类托帕石在交易过程中应按国标要求加“处理”字样
外表观察酷似水晶、海蓝宝石、磷灰石、塞黄晶、电气石等。托帕石一般用肉眼能见到的缺陷较少，大都透明无瑕，呈强玻璃光泽。一般在托帕石在鉴别过程中，最主要的是要测定其折射率和密度，观察其包裹体特征
最有效的方法是测定其密度，若将上述宝石与托帕石共同放在二碘甲烷（3.32g/cm3）重液中 ，则仅黄玉可以沉下来，而其它宝石都会悬浮在重液中
托帕石除了根据其一组完全解理和两种以上不混溶的液体包体特征外，用肉眼不易与上述宝石区分。气液二相包体、三相包体，两种或多种不混溶液体包体，即在同一包体的空隙中有2到3个弯曲度相同的界面，这是托帕石所具有的特征包体