现仅存第三进殿。该殿历经宋、元、明、清各代，先后三次整修。与福州华林寺、宁波保国寺同被誉为江南古建筑之花，被古建筑专家视为古建筑杰作。民国年间遭破坏
作者:佚名
三清殿为重檐歇山顶结构，面阔五间，进深四间，当心间4金柱，8架椽，翼似乳状，仍保存宋代建筑手法。全部结构严谨，柱头微具卷杀，柱础作莲花覆盆形，柱间只施阑额，不用普柏枋；斗拱雄大，斗底作皿板形，拱偷心造；补间铺作前后檐各一朵，斗拱和椽檩之间，彩绘有关道教的图案
该殿1996年11月公布为全国重点文物保护单位
此碑当时是颁布给全国、州道观立石的全国现存的三碑之一，还有宋孝宗《赐少傅陈俊卿札碑》和陈俊卿谢恩表文碑、宋王禹撰《陈仁璧墓碑》、方昭书撰《祥应庙记碑》以及苏东坡、文天祥、文征明等历代名人题刻荟集篆、隶、真、草各体书法，古雅别致，弥足珍贵。殿内有现存有石刻十块，有宋徽宗赵佶手书瘦金体《神霄玉清万寿宫碑》，是研究我国书法艺术和道教历史的珍贵文物
三清殿位于莆田市区观桥附近，为道教建筑物。三清殿是建于唐贞观二年（公元628年）的元妙观建筑群遗存下来的一个殿。古时佛教的教堂叫“寺”，道教的教堂称“观”。三清殿是这座道观的主殿，内奉“太清元始天尊、上清通天教主、玉清太上君”、故名“三清殿”。元妙观至宋时改名天庆观，元代时又改名玄妙观，清时因避康熙皇帝玄烨之讳，改称元妙观