与农产品质量密切相关的农业环境污染主要包括土地资源和水资源的污染。这类物料并非绝对不能用，应进行严格检测后酌情慎用。20年来国内复混肥、有机—无机复合肥、生化肥、生物肥、磁化肥等，凡需二次加工混配造粒的肥，上述物料往往被选为填充料。例如：煤粉灰、煤矸石、矿碴和池塘污等往往以含养分为由直接施入农田。重金属主要来源于工业废弃物——未经处理污水用于农田灌溉直接污染和固体废弃物经其它途径进入农田。污染物分两大类：一是重金属类，包括镉（Cd）、铬（Cr）、砷（As）、汞（Hg）、铅（Pb）、铜（Cu）、钴（Co）、镍（Ni）、硒（Sb）等；另一类是硝酸盐类
新兴起的高科技果蔬培植技术，如无土基质栽培和营养液水培等方法生产出来的蔬菜，人们都认为是放心菜，却不知它们生长所需的养分大都是用优质化肥或工业级化工原料经科学配方调制而成的。有机肥对土壤、水资源等同样会造成污染，特别是人、畜粪便中除各种病原菌外还有人畜服用的药物和生活、饲养环境消毒用的各种化学药剂，它们都残留并富集在粪便中，有的很难被生物降解。绿色食品生产标准要求，在种植业严禁滥用化肥，并非绝对不用化肥，合理施用优质化肥不会造成污染，只有盲目过量施用氮素化肥才会造成环境污染、产品质量下降。相反，施用有机肥也不能一概而论，并非施用有机肥生产出的产品就都是无污染绿色食品，有机肥品种繁多，质量管理难度大，只用作物秸秆作有机肥，养分不够，还需补充其它肥，若施用人畜粪便、垃圾等，其含养分稍高于前者，但仍不能满足现代化农业丰产需要，有机肥的重要功能是改善土壤物理性状，防止土壤板结，提高化肥利用率，而其本身所含有机态养分在土壤中需经生化分解（矿质化过程）转化为铵态、硝态氮和磷酸根离子形态才能被植物利用
加入WTO后，绿色食品不仅在激烈的国际竞争中占重要地位，更是人们日趋提高的生活品质的主要内容之一。而肥料作为绿色产品的基础，也就成了大家关注的热点
硝酸盐类的污染：硝态氮是植物最易利用的氮素形态，为什么近些年来人们那么惧怕果蔬食品中有硝酸盐呢？实际并不可怕，硝酸基对人畜无毒，但在缺氧条件下被还原为亚硝基。试验证明：在正确施用尿素、化肥或只施有机肥与施用硝酸钙肥比较中，收获时每公斤大白菜体内硝态氮浓度可达两三千毫克，储存两个月后则降至二百毫克，不同施肥处理间差异不大，而同样处理条件下生长的花椰菜（生菜），收获时体内硝态氮浓度平均只有100mg/kg左右，而且并未发现施硝酸钙肥的两种菜体内硝酸盐含量比其它处理高。它可与胺形成有致癌作用的亚硝酸胺。有机肥料组成远比化肥复杂，城市生活垃圾、工业废弃物、人畜粪便、作物秸秆等若管理不善，长期堆积会产生大量亚硝酸盐，即使不往农田施，因雨水冲洗也会造成水资源的污染。过量施用氮素化肥和工业处理不当的有机肥都会造成氨挥发污染大气和硝酸、亚硝酸盐对地表水、地下水的污染。这是由于植物吸收硝态氮后在体内转化为氨基酸、蛋白质的过程因植物不同转化快慢不同而已。因此应以平衡施肥的原则合理施用化肥。另外，有机肥的处理、保存、运输和施用也要科学化
综上所述，绿色食品应是无污染产品，从原料生产到加工为成品的全过程都不受污染，最终产品要严格检测，不能简单理解为不施化肥的农产品